Manatee es un distrito especial dependiente creado por la Legislatura de Florida en 1967. El organismo rector del puerto es el Manatee County Port, integrado por siete miembros, quienes cumplen mandatos escalonados de cuatro años con elecciones anuales de funcionarios. Esta autoridad establece la política y supervisa los principales gastos del puerto.

Si bien la Autoridad Portuaria del Condado de Manatee está compuesta por los mismos siete miembros electos de la Comisión del Condado de Manatee, cada organismo rector tiene un conjunto separado de funcionarios y responsabilidad financiera.

Port Manatee no es una unidad del Gobierno del Condado de Manatee y no recibe fondos procedentes de los impuestos ad valorem de los ciudadanos de dicho condado.